گروه بیوانفورماتیک زیست سامانه های رایانشی با همکاری متخصصان رشته های مختلف بیوانفورماتیک آمادگی ارائه مشاوره و انجام خدمات زیر را دارا می باشد در صورت نیاز به خدمات پژوهشی در زمینه بیوانفورماتیک با شماره تلفن 09134096831 تماس بگیرید.
1-در حوزه پروتئین:
– پیشگویی ساختار دوم و سوم پروتئین ها به کمک سایت ها و برنامه های کامپیوتری
– پیشگویی تغییرات ساختار پروتئین ها در اثر تغییر شرایط محیطی از قبیل دما و pH و قدرت یونی و … و همچنین مدیفیکاسیون پروتئین و تغییرات ساختاری در اثر جهش
– پیشگویی محل اتصال دارو به پروتئین و طراحی دارو
– ارائه خدمات مشاوره های در زمینه طراحی پروتئین و مهندسی پروتئین
– انفورماتیک آنتی بادی و ساختارهای پروتئینی
استفاده از پایگاه های عمومی و اختصاصی (توالی و ساختار) آنتی بادی ها و بلاست ویژه آنتی بادی ها
طرح های شماره گذاری و آنالیز توالی های آنتی بادی و معین کردن مناطق CDR و نواحی داربستی
طراحی و مدل سازی مدرن آنتی بادی با نرم افزارهای مختلف
بلوغ مجازی افینیتی آنتی بادی
جهش زایی خردمندانه آنتی بادی و بهینه سازی با نرم افزار
داکینگ آنتی بادی-آنتی ژن و آنالیز نتایج با نرم افزار
انسانی سازی و رفع عیوب ساختاری آنتی بادی
پیش بینی اپیتوپ های سلول B و T
بررسی conservancy اپیتوپی
بررسی population coverage
پیش بینی آلرژنیسیته پروتئین
پیش بینی آنتی ژنیسیته پروتئین
2- در حوزه ژنتیک :
خدمات توالی یابی NGS همراه با آنالیزهای مربوطه
- توالی یابی ژنوم های میکربی
- 16s rDNAو ITS
- توالی یابی متاژنوم
- RNA-seq
- ChIP-seq
- Amplicon deep sequencing
- توالی یابی کل پلاسمید
- توالی یابی یوکاریوتها
- توسعه مارکرهای مولکولی
- آنالیز داده های حاصل از توالی یابی نسل جدید (NGS) در سطوح:
- ژنوم
- متاژنوم و پروفایلینگ میکربی
- ترانسکریپتوم
- پروتئوم
- Read filtering and cleaning
- Transcriptome de novo assembly
- Transcriptome annotation
- Differential gene expression analysis
- SNP/SV/CNV discovery
- Genotyping by Sequencing (GBS)
- Whole Genome de novo assembly
- Genome annotation
- de-novo PacBio assemblies of any organelle (chloroplast or mitochondrial genomes)
- Computational identification of microRNA
- SSR discovery
- Whole exome Sequencing
- Targeted Resequencing
- Cancer Panel
- Methylation
آنالیز بالینی تعیین توالی اگزوم (WES)
بخش مربوط به DNA :
- به دست آوردن توالی مرجع DNA
- انجام انواع BLASTDNA و آنالیز نتایج آن
- انجام انواع همردیفی های DNA
- بررسیconservancy همردیفی
- طراحی پرایمر و پروب برای انواع PCR:
- طراحی پرایمر برای بررسی بیان ژن با Real time PCR
-
- طراحی پرایمر برای کلون نمودن ژن ها
- بررسی کیفیت و اختصاصی بودن پرایمرهای طراحی شده
- طراحی پرایمر برای تکنیک PCR-RFLP
- طراحی پرایمر برای تکنیک ARMS PCR
- طراحی پرایمر برای تکنیک HRM
- طراحی پرایمر برای تکنیک sscp-PCR
- طراحی پرایمر برای بررسی متیلاسیون(Methylation-specific PCR (MSP))
- طراحی پرایمر برای سنتز cDNA اختصاصی و cDNA عمومی برای ژن ها
- طراحی پرایمر برای تکثیر (و یا سنجش بیان ) فقط یک واریانت خاص از ژن
- طراحی پرایمر برای سنتز cDNA اختصاصی و cDNA عمومی برای میکروRNA ها
- طراحی پرایمر انکور (anchor) برای سنتز cDNA برای میکروRNA ها به صورت عمومی و اختصاصی
- طراحی پرایمر اختصاصی برای میکروRNA ها
- آشنایی با نحوه طراحی پرایمر برای سنتز cDNA اختصاصی برای کشف قسمت’3 ژن ها (3’ RACE)
- طراحی پرایمر برای سنتز cDNA اختصاصی برای کشف قسمت ‘5 ژن ها (5’ RACE)
- طراحی پرایمر جهت کشف ژن ها در گونه های نزدیک به هم
- تعیین ساختار دو بعدی DNA
- تعیین ساختار سه بعدی DNA به شکل تک ودورشته ای
- بهینه سازی ساختارهای سه بعدی DNA
- طراحی انواع ژن
- طراحی وکتور
- طراحی واکسن های DNA
- ترسیم درخت فیلوژنیک
- بررسی انواع برهمکنش های DNA با سایر مولکول ها
- بهینه سازی توالی ژن برای بیان در میزبان های مختلف
- آنالیز توالیها و مطالعات تاکسونومیک، طبقه بندی و فیلوژنتیک
- رسم درخت فیلوژنی و مطالعات تبار شناسی
- ماتریس شباهت و تفاوت توالی های زیستی
- آنالیز تعیین توالی (DNA Sequencing) بیماری های ژنتیک
- بررسی ارتباط پلیمورفیسم ها (SNP) با یک فنوتیپ خاص مانند بیماری یا سرطان
- ترسیم نمودارها و جداول مربوط به بررسی فراوانی جهش ها در بین جمعیت های مورد بررسی
- بررسی معنی داری فراوانی پلیمورفیسم ها (SNP) در بین جمعیت های مورد بررسی
- بررسی مدل های dominant, recessive و co-dominant در آنالیز داده ها
- محاسبه OR (odd ratio) و CI (confidential interval) برای هر یک از مدل های فوق
- بررسی هاپلوتایپ برای چند SNP
- محاسبه حجم نمونه در مطاعات موردی شاهدی
- محاسبه power برای نمونه ها
- آنالیز آماری داده های بررسی پلی مورفیسم در جمعیت
بخش مربوط به RNA
- به دست آوردن توالی مرجع RNA
- انجام انواع همردیفی ها
- تعیین ساختار دو بعدی RNA
- تعیین ساختار سه بعدی RNA
- بهینه سازی ساختارهای سه بعدی RNA
- بررسی انواع برهمکنش های DNA با سایر مولکول ها
- بررسی پایداری RNA
- آنالیز بیان ژن
- آنالیز داده های تکنیک ریل تایم ( Real-Time PCR)
- محسبه سطح بیان و fold change ژن ها برای داده های real time برای گروه های مختلف
- ترسیم منحنی ها و نمودارهای مرتبط با سطح بیان و fold change ژن ها
- انجام آنالیزهای آماری و تعیین سطح معنی داری برای داده های حاصل از ریل تایم ( Real-Time PCR)
- بررسی میزان اعتبار داده های حاصل از ریل تایم ( Real-Time PCR)
- بررسی کارایی (efficiency) پرایمرها در واکنش ریل تایم ( Real-Time PCR)
- آنالیز ترانس کریپتوم
- آنالیز داده های Microarray
- آنالیزهای RNA-seq
- مطالعه برهمکنش ها و ساختار های میکروRNA ، هدف های اتصالی میکروRNA و …
3- در حوزه بیولوژی سیستم ها یا زیسا شناسی سامانه ها
- آنالیز ها و مدلسازی های زیست شناسی سامانه ای
- آنالیز شبکه ها و مسیرهای بیولوژیک
آنالیزها و روش های یادگیری ماشین و داده کاوی
4- در حوزه آنالیزهای آماری
- انجام آنالیز آماری پروژه های زیستی و پایان نامه
- ترسیم انواع نمودارها برای داده های زیستی
- محاسبه آماره های Relative Risk و Odds Ratio
- محاسبه آماره Confidence Interval
- محاسبه آزمون های آماری (One way, Independent, Paired T Tests)
- محاسبه آزمون آماری ANOVA
- محاسبه آزمون آماری کای اسکوئر (Chi Square)
- محاسبه اندازه و حجم نمونه در کار های زیستی
تعیین تعداد نمونه مورد نیاز برای انجام پروژه های زیستی بر اساس فرمول های آماری و محاسبه میزان power نمونه ها
5- در حوزه طراحی و تولید نرم افزار و بانک های اطلاعاتی
- طراحی و تولید نرم افزار ها بیوانفورماتیکی
- تولید بانک های اطلاعات بیولوژیکی
- نصب و راه اندازی سرور های محاسباتی
- ارائه سرورهای تخصصی بیوانفورماتیکی
- ارائه سخت افزار های مخصوص محاسبات موازی پیشرفته
- تولید بانک های اطلاعات مخصوص مدیران تصمیم گیرنده
- ایجاد نرم افزار های تحت وب بیوانفورماتیک
- ارائه برنامه های e-Book e-Library e-Journal e-Publishing
- ارائه تکنیک های پیشرفته پردازش تصاویر (Image Processing) در بیوانفورماتیک و پزشکی
مشاوره و تهیه معروفترین و برترین نرم افزارهای بیوانفورماتیکی از معتبرترین کمپانی های آمریکایی و اروپائی به همراه آموزش در زمینه های مختلف تحقیقاتی و آزمایشگاهی
برای کسب اطلاعات بیشتر و در صورت نیاز به خدمات پژوهشی گروه بیوانفورماتیک زیست سامانه های رایانشی با شماره تلفن 09134096831 تماس بگیرید.
درباره این سایت