سرفصل های کارگاه های بیوانفورماتیک

عنوان کارگاه : آشنایی با زبان R

در رابطه با کارگاه :

استفاده از نرم افزار R به دلایل مختلفی روز به روز در حال افزایش است، از جمله اینکه محیطی را برای انجام انواع محاسبات و رسم نمودارها فراهم می کند و بر روی آن بسته های متنوعی در زمینه های علوم مختلف نصب می شود که امکان استفاده از آن را در علوم مختلف فراهم می آورد. همچنین این نرم افزار رایگان می باشد و بسیار مورد علاقه دانشجویان می باشد، و نیز بر روی سیستم عامل های مختلف مانند ویندوز و لینوکس قابل نصب می باشد. در این کارگاه مبانی و نحوه کار با این نرم افزار آموزش داده می شود.

رئوس مطالب :

معرفی R

ویرایشگرهای R

نصب R و ارتباط آن با ویرایشگر

بسته های R

خواندن و نوشتن داده ها

انواع داده ها در R

محاسبات در R

آمار

رسم نمودار

نرم افزارهای مورد استفاده در کارگاه :  R و RStudio

پیش نیاز کارگاه :  ندارد

منابع پیشنهادی برای مطالعه:  

مخاطبین :  دانشجویان و محققین ژنتیک، شیمی، زیست شناسی و .

4 جلسه

تعداد جلسات

8 ساعت

تعداد ساعات

متوسط

سطح

دکتر شاه ولی

مدرس

عنوان کارگاه : آنالیز داده های بیان ژن Microarray

در رابطه با کارگاه :

تکنولوژی ریزآرایه روش بسیار قدرتمندی است که امکان بررسی بیان هزاران ژن و پروتئین را بطورهمزمان فراهم میکند. آنالیز داده های ریزآرایه با توجه به متنوع بودن فرمت ها و انواع چیپ های تجاری مشتمل بر تکنیک ها و الگوریتم های محاسباتی مختلفی است. مطالب ارائه شده در این کارگاه برای کلیه دانشجویان کارشناسی ، ارشد و دکترای رشته های زیست شناسی، بیوتکنولوژی، بیوشیمی، بیوفیزیک، میولوژی، ژنتیک و سایر متخصصین و محققین شرکت ها و موسسات تحقیقاتی می تواند مفید باشد.

رئوس مطالب :

• ریزآرایه (microarray)
• نوع داده­های ریزآرایه
• گرفتن داده­های ریزآرایه از پایگاه­های داده
• آنالیز داده­های ریزآرایه
  • بررسی کیفیت داده­ها
  • نرمال کردن و ایجاد ماتریس
  • بررسی تفرق بیان

• آنالیز داده ها با استفاده از وب سایت
• آنالیز داده­ها با استفاده از نرم افزار

آنالیز داده­ها با استفاده از پکیج­های R

نرم افزارهای مورد استفاده در کارگاه :  R و RStudio

پیش نیاز کارگاه : کارگاه آشنایی با نرم افزار R

منابع پیشنهادی برای مطالعه:  کتاب دروس بیوانفورماتیک تالیف دکتر شریفی زارچی

مخاطبین : دانشجویان ژنتیک ، کشاورزی ، دامپزشکی، زیست شناسی و .

 8 جلسه

تعداد جلسات

 16 ساعت

تعداد ساعات

متوسط

سطح

دکتر شاه ولی

مدرس

عنوان کارگاه : آنالیز داده های RNASeq

در رابطه با کارگاه :

به منظور آنالیز ترانسکریپتوم موجود زنده که به طور مداوم در حال تغییر است از روش توالی یابی RNA استفاده می شود. با استفاده از این روش می توان به سهولت به مطالعه ویرایش فرعی ژن ها ، تغییرات پس از رونویسی، ادغام ژن ها، تغییرات پلی مورفیک و بیماری زا و همچنین تغییرات بیان ژن در گروههای تحت درمان پرداخت. قبل از معرفی این تکنیک محققان جهت مطالعه بیان ژن از تکنیک های وابسته به هیبریداسیون مثل ریز ارایه استفاده می کردند که همواره با مشکلات تکنیکی خاصی همچون ایجاد مثبت های کاذب و کمیت سنجی ضعیف ها با بیان کم و زیاد بودند. با ظهور این تکنیک بسیاری از مشکلات این حوزه مرتفع گردید. بنابراین آنالیز داده ای ژنی یک ضرورت برای دانشجویان ژنتیک و علوم مرتبط می باشد.

رئوس مطالب :

• مقدمه ای بر توالی­یابی
• NGS
• نوع داده­های NGS و نحوه تبدیل داده­ها
• گرفتن داده­های RNAseq از پایگاه­های داده
• آنالیز داده های RNASeq
  • بررسی کیفیت داده­ها
  • نرمال کردن و بالا بردن کیفیت داده­ها
  • نقشه­یابی (Mapping)
  • مشاهده نتایج نقشه یابی روی کروموزوم
  • بررسی آماری تفرق بیان

• آنالیز داده ها با استفاده از وب سایت
• آنالیز داده­ها با استفاده از نرم افزار
• آنالیز داده­ها با استفاده از لینوکس

آنالیز داده­ها با استفاده از پکیج­های R

نرم افزارهای مورد استفاده در کارگاه :  R و RStudio

پیش نیاز کارگاه : کارگاه آشنایی با نرم افزار R

منابع پیشنهادی برای مطالعه:  

مخاطبین :  دانشجویان ژنتیک و زیست شناسی

 8 جلسه

تعداد جلسات

 16 ساعت

تعداد ساعات

متوسط

سطح

دکتر شاه ولی

مدرس

عنوان کارگاه : اصول PCR و طراحی پرایمر

در رابطه با کارگاه :

PCR ﻧﻘﺶ ﺑﺴﺰاﻳﻲ در ﺗﺤﻮل ﻋﻠﻮم زﻳﺴﺘﻲ داﺷﺘﻪ اﺳﺖ ﻛﻪ ﺑﺎﻋﺚ ﺗﻐﻴﻴﺮ ﻧﺮش داﻧﺸﻤﻨﺪان در ﺗﺤﻘﻴﻘﺎت ﺰﺷﻜﻲ، ﻋﻠﻮم ﺎﻳﻪ، آزﻣﺎﻳﺸﺎت ﺟﻨﺎﻳﻲ و ﺗﺤﻘﻴﻘﺎت زﻳﺴﺖ ﻣﺤﻴﻄﻲ ﺷﺪه اﺳﺖ. اﻳﻦ تکنیک در اواﺳﻂ دﻫﻪ ی 1980 ﻣﻌﺮﻓﻲ ﺷﺪ و اﻣﺮوزه اﻳﻦ روش ﺗﻘﺮﻳﺒﺎً در ﺗﻤﺎﻣﻲ آزﻣﺎﻳﺸﺎﻫﻬﺎ ی زﻳﺴﺖ ﻣﻮﻟﻜﻮﻟﻲ ﺟﺰو ﻛﺎرﻫﺎی ﻣﺘﺪاول ﻣﻲ ﺑﺎﺷﺪ و ﺑﻪ ﺻﻮرت اﺗﻮﻣﺎﺗﻴﻚ اﻧﺠﺎم ﻣﻲ ﺷﻮد.  PCR ﻣﺰاﻳﺎی زﻳﺎدی دارد ﻛﻪ ﺑﺎﻋﺚ ﺴﺘﺮش اﺳﺘﻔﺎده آن در آزﻣﺎﻳﺸﺎه ﻫﺎ ﺷﺪه اﺳﺖ از جمله نیاز به مقادیر کم DNA، ﺳﺎدﻲ وﺳﺮﻋﺖ بالا. جهت انجام PCR نیاز به پرایمر می­اشد و طراحی پرایمر مناسب یکی از اامات انجام یک  PCR خوب می باشد. در این کارگاه اصول PCR و طراحی پرایمر آموزش داده می شود.

رئوس مطالب :

اصول PCR

کاربردهای PCR

انواع PCR

سرفصل های کارگاه های بیوانفورماتیک

ارائه خدمات پژوهشی گروه بیوانفورماتیک زیست سامانه های رایانشی

کارگاه های بیوانفورماتیک گروه بیوانفورماتیک زیست سامانه های رایانشی