گروه بیوانفورماتیک زیست سامانه های رایانشی با همکاری متخصصان رشته های مختلف بیوانفورماتیک آمادگی ارائه مشاوره و انجام خدمات زیر را دارا می باشد در صورت نیاز به خدمات پژوهشی در زمینه بیوانفورماتیک با شماره تلفن 09134096831 تماس بگیرید.

1-در حوزه پروتئین:

– پیشگویی ساختار دوم و سوم پروتئین ها به کمک سایت ها و برنامه های کامپیوتری

– پیشگویی تغییرات ساختار پروتئین ها در اثر تغییر شرایط محیطی از قبیل دما و pH و قدرت یونی و … و همچنین مدیفیکاسیون پروتئین و تغییرات ساختاری در اثر جهش

– پیشگویی محل اتصال دارو به پروتئین و طراحی دارو

–  ارائه خدمات مشاوره های در زمینه طراحی پروتئین و مهندسی پروتئین

– انفورماتیک آنتی بادی و ساختارهای پروتئینی

استفاده از پایگاه های عمومی و اختصاصی (توالی و ساختار) آنتی بادی ها و بلاست ویژه آنتی بادی ها

طرح های شماره گذاری و آنالیز توالی های آنتی بادی و معین کردن مناطق CDR و نواحی داربستی

طراحی و مدل سازی مدرن آنتی بادی با نرم افزارهای مختلف

بلوغ مجازی افینیتی آنتی بادی

جهش زایی خردمندانه آنتی بادی و بهینه سازی با نرم افزار

داکینگ آنتی بادی-آنتی ژن و آنالیز نتایج با نرم افزار

انسانی سازی و رفع عیوب ساختاری آنتی بادی

پیش بینی اپیتوپ های سلول B و T

بررسی conservancy اپیتوپی

بررسی population coverage

پیش بینی آلرژنیسیته پروتئین

پیش بینی آنتی ژنیسیته پروتئین

2- در حوزه ژنتیک  :

خدمات توالی یابی NGS همراه با آنالیزهای مربوطه

• توالی یابی ژنوم های میکربی
• 16s rDNAو ITS
• توالی یابی متاژنوم
• RNA-seq
• ChIP-seq
• Amplicon deep sequencing
• توالی یابی کل پلاسمید
• توالی یابی یوکاریوتها
• توسعه مارکرهای مولکولی
• آنالیز داده های حاصل از توالی یابی نسل جدید (NGS) در سطوح:
  • ژنوم
  • متاژنوم و پروفایلینگ میکربی
  • ترانسکریپتوم
  • پروتئوم
• Read filtering and cleaning
• Transcriptome de novo assembly
• Transcriptome annotation
• Differential gene expression analysis
• SNP/SV/CNV discovery
• Genotyping by Sequencing (GBS)
• Whole Genome de novo assembly
• Genome annotation
• de-novo PacBio assemblies of any organelle (chloroplast or mitochondrial genomes)
• Computational identification of microRNA
• SSR discovery
• Whole exome Sequencing
• Targeted Resequencing
• Cancer Panel
• Methylation

آنالیز بالینی تعیین توالی اگزوم (WES)

بخش مربوط به DNA :

• به دست آوردن توالی مرجع DNA
• انجام انواع BLASTDNA و آنالیز نتایج آن
• انجام انواع همردیفی های DNA
• بررسیconservancy همردیفی
• طراحی پرایمر و پروب برای انواع PCR:
  • طراحی پرایمر برای بررسی بیان ژن با Real time PCR

• • طراحی پرایمر برای کلون نمودن ژن ها
  • بررسی کیفیت و اختصاصی بودن پرایمرهای طراحی شده
  • طراحی پرایمر برای تکنیک PCR-RFLP
  • طراحی پرایمر برای تکنیک ARMS PCR
  • طراحی پرایمر برای تکنیک  HRM
  • طراحی پرایمر برای تکنیک  sscp-PCR
  • طراحی پرایمر برای بررسی متیلاسیون(Methylation-specific PCR (MSP))
  • طراحی پرایمر برای سنتز cDNA اختصاصی و cDNA عمومی برای ژن ها
  • طراحی پرایمر برای تکثیر (و یا سنجش بیان ) فقط یک واریانت خاص از ژن
  • طراحی پرایمر برای سنتز cDNA اختصاصی و cDNA عمومی برای میکروRNA ها
  • طراحی پرایمر انکور (anchor) برای سنتز cDNA برای میکروRNA ها به صورت عمومی و اختصاصی
  • طراحی پرایمر اختصاصی برای میکروRNA ها
  • آشنایی با نحوه طراحی پرایمر برای سنتز cDNA اختصاصی برای کشف قسمت’3 ژن ها (3’ RACE)
  • طراحی پرایمر برای سنتز cDNA اختصاصی برای کشف قسمت ‘5 ژن ها  (5’ RACE)
  • طراحی پرایمر جهت کشف ژن ها در گونه های نزدیک به هم

• تعیین ساختار دو بعدی DNA
• تعیین ساختار سه بعدی DNA به شکل تک ودورشته ای
• بهینه سازی ساختارهای سه بعدی DNA
• طراحی انواع ژن
• طراحی وکتور
• طراحی واکسن های DNA
• ترسیم درخت فیلوژنیک
• بررسی انواع برهمکنش های DNA با سایر مولکول ها
• بهینه سازی توالی ژن برای بیان در میزبان های مختلف
• آنالیز توالیها و مطالعات تاکسونومیک، طبقه بندی و فیلوژنتیک
• رسم درخت فیلوژنی و مطالعات تبار شناسی
• ماتریس شباهت و تفاوت توالی های زیستی
• آنالیز تعیین توالی (DNA Sequencing) بیماری های ژنتیک
• بررسی ارتباط پلیمورفیسم ها (SNP) با یک فنوتیپ خاص مانند بیماری یا سرطان
  • ترسیم نمودارها و جداول مربوط به بررسی فراوانی جهش ها در بین جمعیت های مورد بررسی
  • بررسی معنی داری فراوانی پلیمورفیسم ها (SNP) در بین جمعیت های مورد بررسی
  • بررسی مدل های dominant, recessive و co-dominant در آنالیز داده ها
  • محاسبه OR (odd ratio) و CI (confidential interval) برای هر یک از مدل های فوق
  • بررسی هاپلوتایپ برای چند SNP
  • محاسبه حجم نمونه در مطاعات موردی شاهدی
  • محاسبه power برای نمونه ها
• آنالیز آماری داده های بررسی پلی مورفیسم در جمعیت

بخش مربوط به RNA

• به دست آوردن توالی مرجع RNA
• انجام انواع همردیفی ها
• تعیین ساختار دو بعدی RNA
• تعیین ساختار سه بعدی RNA
• بهینه سازی ساختارهای سه بعدی RNA
• بررسی انواع برهمکنش های DNA با سایر مولکول ها
• بررسی پایداری RNA
• آنالیز بیان ژن

• آنالیز داده های تکنیک ریل تایم ( Real-Time PCR)

1. محسبه سطح بیان و fold change ژن ها برای داده های real time برای گروه های مختلف
2. ترسیم منحنی ها و نمودارهای مرتبط با سطح بیان و fold change ژن ها
3. انجام آنالیزهای آماری و تعیین سطح معنی داری برای داده های حاصل از ریل تایم ( Real-Time PCR)
4. بررسی میزان اعتبار داده های حاصل از ریل تایم ( Real-Time PCR)
5. بررسی کارایی (efficiency) پرایمرها در واکنش ریل تایم ( Real-Time PCR)

• آنالیز ترانس کریپتوم
  • آنالیز داده های Microarray
  • آنالیزهای RNA-seq
• مطالعه برهمکنش ها و ساختار های میکروRNA ، هدف های اتصالی میکروRNA و  …

3- در حوزه بیولوژی سیستم ها یا زیسا شناسی سامانه ها

• آنالیز ها و مدلسازی های زیست شناسی سامانه ای
• آنالیز شبکه ها و مسیرهای بیولوژیک

آنالیزها و روش های یادگیری ماشین و داده کاوی

4- در حوزه آنالیزهای آماری

• انجام آنالیز آماری پروژه های زیستی و پایان نامه
• ترسیم انواع نمودارها برای داده های زیستی
• محاسبه آماره های Relative Risk و Odds Ratio
• محاسبه آماره Confidence Interval
• محاسبه آزمون های آماری (One way, Independent, Paired T Tests)
• محاسبه آزمون آماری ANOVA
• محاسبه آزمون آماری کای اسکوئر (Chi Square)
• محاسبه اندازه و حجم نمونه در کار های زیستی

تعیین تعداد نمونه مورد نیاز برای انجام پروژه های زیستی بر اساس فرمول های آماری و محاسبه میزان power نمونه ها

5- در حوزه طراحی و تولید نرم افزار و بانک های اطلاعاتی

• طراحی و تولید نرم افزار ها بیوانفورماتیکی
• تولید بانک های اطلاعات بیولوژیکی
• نصب و راه اندازی سرور های محاسباتی
• ارائه سرورهای تخصصی بیوانفورماتیکی
• ارائه سخت افزار های مخصوص محاسبات موازی پیشرفته
• تولید بانک های اطلاعات مخصوص مدیران تصمیم گیرنده
• ایجاد نرم افزار های تحت وب بیوانفورماتیک
• ارائه برنامه های  e-Book e-Library e-Journal e-Publishing
• ارائه تکنیک های پیشرفته پردازش تصاویر (Image Processing) در بیوانفورماتیک و پزشکی

مشاوره و تهیه معروفترین و برترین نرم افزارهای بیوانفورماتیکی از معتبرترین  کمپانی های آمریکایی و اروپائی به همراه آموزش در زمینه های مختلف تحقیقاتی و آزمایشگاهی

برای کسب اطلاعات بیشتر و در صورت نیاز به خدمات پژوهشی گروه بیوانفورماتیک زیست سامانه های رایانشی  با شماره تلفن 09134096831 تماس بگیرید.